Er ist der viertgrößte Gletscher des Landes und bedeckt mit seinem Eis den gefährlichen Vulkan Katla. Es ist der südlichste Gletscher Islands. Zwischen dem Mýrdalsjökull und den Gletschern Eyjafjallajökull und Tindfjallajökull befindet sich das Tal von Þórsmörk. Der Mýrdalsjökull bildet zusammen mit dem Vatnajökull und dem zentralen Hochland die Klimascheide des Landes. Hier werden die kalten polaren Luftströmungen von den wärmeren des Südens getrennt. Das sorgt dafür, dass es südlich der Klimascheide regenreicher ist als am Nordrand. Der Mýrdalsjökull speist auch etliche Flüsse, zum Beispiel die Krossá, die durch das Tal von Þórsmörk fließt. Der letzte große Ausbruch im Jahre 1918 richtete verheerende Zerstörungen an. Der durch die Eruption schmelzende Gletscher verursachte einen gigantischen Gletscherlauf, der 14 Kilometer weit reichte. Diese eine Eruption verschob die südliche Küstenlinie um ganze 4 Kilometer.

Der subglaziale Vulkan hat an seinem Gipfel eine Caldera, die von einem 150 - 200 m mächtigen Eispanzer bedeckt ist. Die Caldera hat einen Durchmesser von 3 x 4 Kilometer und beinhaltet mehrere Krater. Die Entstehung des Vulkans begann vor ca. 800.000 Jahren. 12 Eruptionszyklen des Eyjafjallajökulls sind aus den Zeiten vor der Landnahme Islands bekannt und nur 4 Ausbrüche seitdem es Menschen auf der Insel gibt. Diese fanden in den Jahren 920, 1612 - 1613 und 1821 - 1823 statt. Die bisher letzte Eruption ereignete sich im Frühjahr 2010. Bei den drei vorangegangene Eruptionen folgte der Nachbarvulkan Katla kurze Zeit später. Die letzte Eruption im Frühjahr 2010 lief in 2 Phasen ab. Zuerst öffnete sich eine effusive Spalte auf der Westflanke des Vulkans. Die Spalte entstand auf einem Sattel zwischen Eyjafjallajökull und Myrdalsjökull auf 1000 m Höhe. Während dieser Eruptionsphase wurden rotglühende Lavafontänen und Lavaströme gefördert. Kurz nach dem Ende der ersten Eruptionsphase folgte die 2. Phase: eine explosive Eruption vom vulcanischen Typus, die von der Gipfelcaldera des Eyjafjallajökulls ausging. Schmelzwasser verstärkte die Explosivität der Eruption und eine mächtige Aschewolke stieg bis zu 9 km hoch auf. Sie wurde von starken Luftströmungen Richtung Süden gelenkt. Bereits am zweiten Tag des Vulkanausbruches musste der Luftraum über weiten Teilen Europas gesperrt werden, u.a. auch in Deutschland.