Wer glaubt, dass Gletscher nur weiß sind, irrt sich. Denn je nach Lichteinfall und geologischer Beschaffenheit zeigt sich das Eis in den unterschiedlichsten Farben. So gibt es am Vatnajökull und seiner Gletscherzunge Svínafellsjökull blauschimmernde Eisgrotten oder türkisfarbige Eisberge. Die dunklen Schichten im Eis stammen von Vulkanausbrüchen, von denen es einige gab. Die Eislandschaft verändert sich ständig, denn der Gletscher ist immer in Bewegung, wobei sich die Eismassen bis zu einem Meter pro Tag bewegen können. Und das kann man auch sehr deutlich hören, denn der Gletscher bewegt sich nur unmerklich aber mit leisem Knistern und Knacken und oft einem lauten Krachen.

Wie gefährlich Gletscher sein können, zeigt ein tragisches Ereignis. Im Sommer des Jahres 2007 sind hier am Svínafellsjökull zwei deutsche Kletterer spurlos verschwunden. Trotz einer der größten Rettungsaktionen der isländischen Geschichte wurden sie nie gefunden. Eine Gedenktafel in der Nähe des Svínafellsjökull erinnert heute an diese Tragödie.

Am Ufer des Sees befinden sich zahlreiche Wanderwege. In den Monaten Juni und Juli nisten die Großen Raubmöwen (Skua) nahe dem Gletschersee. Weiterhin gibt es im Jökulsárlón Robben. Abhängig von den Gezeiten ist die Strömung der Jökulsá unterschiedlich stark. Sie kann sich auch umkehren, so dass Salzwasser vom Meer in den See strömt, was dessen Zufrieren verhindert. Bei meerwärts gerichteter Strömung werden Eisberge aus dem See ins Meer gespült und teilweise am angrenzenden schwarzen Basaltstrand abgelagert. 1975 war der See etwa 7,9 km² groß, wuchs aber auf 18 km² auf Grund der Schmelze des Gletschers an.

Der Jökulsárlón ist berühmt für seine in vielen Blautönen schimmernden bizarren Eisberge mit schwarzen Einschlüssen aus der Asche vergangener Vulkaneruptionen. Sie brechen von der Gletscherzunge des Breiðamerkurjökull ab und bestehen aus sehr altem Wasser, welches hunderte, ja tausend Jahre im Gletscher schlummerte.